Beriev Be-12 được Không quân Hải quân Liên Xô AV-MF (Aviatcia Voenno-Morskogo Flota) vào đầu thập niên 1960 trong nhiệm vụ tuần tra biển và chống tàu ngầm,nó cũng là một trong những loại máy bay thủy phi cơ từ thế kỷ 20 còn hoạt động.Ban đầu nhiệm vụ của nó là tuần tra và chống tàu ngầm nhưng từ khi loại tên lửa đời mới cho phép tàu ngầm của Hải quân Hoa Kỳ phóng từ ngoài khơi vào đất liền với tầm bắn rất xa thì Be-12 chuyển sang thực hiện nhiệm vụ tìm kiếm cứu hộ (Be-12PS) vì Liên Xô cần các loại tên lửa đánh chặn đạn đạo và các tàu ngầm đời mới cũng trang bị tên lửa liên lục địa (như Tàu ngầm Đề án 941 Akula) để uy hiếp Hoa Kỳ,tuy vậy Be-12 vẫn là loại máy bay săn ngầm có tầm hoạt động tốt.Sau khi Liên Xô tan rã,các máy bay Be-12 được chia cho các quốc gia cộng hòa và thực hiện nhiệm vụ thả bom nước chữa cháy. Trong thời gian phát triển loại máy bay thủy phi cơ chữa cháy Beriev Be-200 thì một số thiết bị phục vụ hoạt động phòng cháy chữa cháy được lắp đặt trên Be-12P và nó có mật danh là "12 Yellow". Sau khi được trang bị hệ thống điện tử của Be-12P-200 thì Be-12P thành máy bay chữa cháy có công nghệ cao, nó được đăng ký theo mã RA-00046 rồi được chỉ định đặt tên theo kiểu biến thể của Be-12 là Be-12P-200.Be-12P-200 vẫn được sử dụng để chữa cháy ngay cả khi chiếc Be-200 đã được đưa vào chế tạo. Theo số liệu năm 1993, Hải quân Nga còn sử dụng 55 chiếc Be-12. Đến năm 2005 có 12 chiếc bị rơi và đến năm 2009 chỉ còn 9 chiếc hoạt động. Một vài chiếc được trưng bày trong viện bảo tàng như Bảo tàng Không quân Trung ương ở Monino,ngoại ô Moskva. 1 chiếc khác đang nằm ở Bảo tàng Hàng không Ukraina và Bảo tàng Hàng không Taganrog.